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新幹線超進化研究所為了從誕生於“漆黑新幹線”的巨大怪物體手中守護日本的未來， 人們開發了“新幹線變形機器人SHINKALION”。 具備與SHINKALION較高適合率的孩子們成為駕駛員， 與研究所員齊心協力，面對強大的敵人！ 究竟“漆黑新幹線”的目的是……。孩子們能否守護日本的未來……。 變身！SHINKALION！
