成功解除潘達瓦戰爭危機後，海港城告別短暫寧靜再度陷入驚天危機全城突發連環爆炸案，攜帶大規模殺傷性武器電磁脈沖（EMP）炸彈密鑰的委員長也在高速公路上被神秘劫持東區分局明星警探吳英雄（趙又廷 飾）反擊未果遭遇改裝直升機掃射身陷險境，墜落高架橋千鈞一發之際，東區分局警官陳真（林更新 飾）及時現身搭救吳英雄。 海港城危機不斷，跨海大橋被炸毀，通往本島唯一道路斷絕，同時，一盤神秘錄像帶被寄往政府部門，包括徐達夫在內的多名通緝要犯在鏡頭裡誓死自白：建立全新海港城，所有犧牲都是值得慶祝的。對此，政府宣布：“事關安全緊急事件，優先等級五。”就在全港備戰神秘邪惡力量之時，大爆炸席卷全城，並造成電力中斷。整座城市陷入一片黑暗，連南區分局也被炸成廢墟。 危急時刻，吳英雄同陳真組成全新搭檔，並偶遇被綁成人肉炸彈、高速駕駛直沖隧道的徐達夫（黃渤 飾）。三人亂作一團之時，卻突然遇到從隧道口直沖而下的無人飛行器及雇傭軍攻擊。九死一生之後，吳英雄和陳真才得知徐達夫懷有身孕的老婆已被恐怖分子挾持，並將她的身體作為生物武器“伊魯康吉”試驗田。在三人身後，而更有駭人陰謀籠罩海港城，神秘暗殺組織——夜行者啟動旨在24小時內屠城的“枯草計劃”。海港城傾覆之際，“真英雄”組合及徐達夫組成“正義三人組”挺身而出，正與邪、光明與黑暗的終極對決再度來臨……
