《境界線上的地平線Ⅱ》劇情緊接第一季動畫劇情展開，講述的是航空都市艦武藏在就出赫萊森·阿利亞達斯特之後，離開三河啟航前往英國，希望能獲得英國的支援。但由於無敵艦隊海戰歷史再現開戰在即，三征西班牙害怕英國與武藏聯手，決定先聲奪人攻擊武藏。面對三征西班牙精銳攻擊，武藏與之相對後順利逃脫，但在英國邊境卻遭受英國“女王的盾符”成員攻擊，不得已隻好暫時與赫萊森等人搭乘的運輸艦切割。運輸艦總算是平安登陸在第四階層的海岸，英國卻不準武藏艦登陸。武藏與英國經過談判，決定舉辦聯合校慶，但後續發展依舊困難重重。而此時，點藏·庫羅斯優奈特在海岸邊遇到一個渾身傷痕的神秘人，解開了英國方面一段不為人知的隱情
