故事從97年《最終幻想VII》結局兩年之後開始，當人們以為世界已經和平之時，所謂的“星痕症候群”的病卻開始四處蔓延，世界再度面臨危機同時曾經為拯救世界而戰的英雄克勞德卻與世隔絕孤獨的生活著…… 劇情敘述主角們打倒賽菲羅斯（Sephiroth），拯救星球免於巨大隕石的侵襲後兩年，神秘的怪病「星痕症候群」在各地陸續傳出病例。而主角克勞德（Cloud）在與愛莉斯（Aerith）死別後，便鬱鬱寡歡。某日突然出現了與賽菲羅斯有未知關聯的神秘3人組，除了直接對克勞德造成威脅之外，還進行著一連串秘密的計劃，將已回歸各自生活的主角群們，再次的卷入風波中……
