在日本一條名為“霞之裡”的寧靜小村莊裡，那裡遠離人煙，但卻有一所女校在這裡原來這所學校叫“私立志能備學園”，是一所負責女忍者訓練的精英學院，是全日本,甚至全世界唯一一所的女忍者訓練學校。而其實在“霞之裡”生活的居民中很多都是這所學校的畢業生，學院中的學生大多為被賦予高智商高天分的有極其優秀基因的試管嬰兒，所以都擁有極其高的天分。事實上從這裡畢業的忍者，進入社會後都會當上保護重要人物或替國家和機構進行各種調查和探取情報的間諜工作，可說是一種既刺激又好玩又有前途的職業。但此學校只是女忍學校，與霞之裡的另一所男忍學校關係不好，且不允許學生戀愛，不準和男忍接觸，違反的人將被趕出學院。一天，有一男一女來到了這個村子，男的是為了...
