故事講述的是從東京都西部被分割出來的這座都市中，“超能力開發”被列為學校課程的一部分（學生作為人體科學實驗對象）在二百三十萬人口中，有八成都是學生，所以被稱為學園都市。他們每天都在超能力開發上進行相互競爭。根據能力高低不同，可以分為6級，從無能力（level 0）到超能力（level 5）。故事的主角上條當麻是學園裡的一個無能力者，但並非完全沒有能力，他的能力是能夠將一切異能之力無效化。他只有右手能夠使用這種能力，還給自己的這種連上帝的奇跡都能抹殺的能力取名為“幻想殺手”。而正因為他的右手似乎把神的祝福都給抹殺掉的緣故，導致自己一直過著不幸的生活。某一個暑假的日子，在家裡的陽臺上，他遇見了一位修女；這位少女自稱自己的名字叫“茵蒂克...
