為了奪取主人公等所在的宮國所持有的珍貴引擎，鄰國開始了日益激烈的侵略。為了迎擊敵國，宮國被迫將儀式用復座式飛行艇“Simoun”改造成了戰鬥用戰艦。還需要未性別化的“巫女”被派遣擔任駕駛員，於是，她們成為了被稱為“coru”的戰鬥小隊成員。 操縱“Simoun”的少數少女被稱為了“Simoun·シヴュラ（西貝拉）”因為擁有著特殊能力，她們可以選擇自己成為大人的時間。但是因為戰爭的爆發，她們的優秀才能不得不運用在“Simoun”的操作上，換句話說，她們被強迫保持在了“少女階段”……
