故事發生在戰國時代，出生於三流貧窮忍者之家的少年亂太郎（加藤清史郎 飾），肩負著父母的期望進入了一流忍者學校——忍術學園——學習。該學園最早由天才忍者大川平次渦正（平幹二朗 飾）創立，如今他雖年事已高，卻仍然武功高超，而且搞怪不斷。他更帶領忍者學園與死對頭田八方齋（松方弘樹 飾）展開了連番激鬥。忍術學園的學生們被稱為“忍者之蛋”（簡稱“忍蛋”），亂太郎被編入一年葉組（一年は組），在此他結識了富商之子新兵衛（木村風太 飾）和父母雙雙陣亡的霧丸（林遼威 飾），三個小家夥結成了情深意篤的三人組，從此開始了他們充滿補習、重考和各種失敗的快樂學校生活。
某一天，四年葉組出身於理發世家的齊藤鷹丸（溝口琢矢 飾）和父親齊藤幸隆（鹿賀丈史 飾）在家中遭到刺客萬壽鳥（竹中直人 飾）、土壽鳥（石垣佑磨 飾）的襲擊。原來，齊藤父子曾是八方齋麾下毒竹忍者隊的成員，雖然早已脫離了這個邪惡的組織，但是忍者隊還是緊追不舍，誓要取齊藤父子的性命。在這危急關頭，園長和八方齋約定了一場對決，隻要忍術學園能夠沖入毒竹山敲響打鳴寺的大鐘，忍者隊就徹底放棄齊藤父子。正所謂初生牛犢不怕虎，一年級的小忍蛋們，在高年級生的支持下決定挑戰這個困難而危險的對決。一方是初入學園的新生，一方是擁有豐富實戰經驗的專業忍者，亂太郎他們能否取得最後的勝利呢
2011年夏天，令大人和小孩都樂享其中的國民級動畫《忍者亂太郎》終於推出真人電影版，帶給忍Fan們難以忘懷的假日享受。影片改編自漫畫家尼子騷兵衛連載長達26年之久的人氣漫畫《落第忍者亂太郎》，迄今48卷總共銷售超過800萬冊。動畫版一經推出迅速紅遍全國，自1993年開播以來已連續放映19年。此次真人電影版推出，更立志再現動畫版的快樂氛圍。
主演亂太郎一角的是憑借大河劇《天地人》而廣為人知的童星加藤清史郎，這將是他首次在大銀幕中擔當主角一職。與之配戲的還有37個年齡在8~10歲的小孩子，甘心為孩子們充當綠葉的則有寺島進、平幹二朗、松方弘樹、竹中直人、中村獅童、石橋蓮司、柄本明、山本耕史等廣泛活躍於電影、電視各個領域的人氣明星，大人孩子們共同構成了多達80人的超豪華表演陣容。
導演方面請來了日本電影導演的代表性人物三池崇史，這位蜚聲國際的鬼才導演洗去千禧年之前的暴戾和血腥，製作出越來越多溫馨有趣的合家歡電影，如早先的《妖怪大戰爭》、《小雙俠》等。此外，他憑借《十三人刺客》、《一命》等根據經典翻拍而成的時代劇大製作在國內外都贏得了廣泛贊許，票房和口碑方面更是雙雙飄紅。談到當下的電影，三池痛感“現在沒有能讓人歡呼雀躍的電影了”，因此他試圖“製作一部從大人到孩子都能樂在其中的家庭電影”，並為他們註入“成長的勇氣與希望”。而亂太郎和他的小夥伴們，在嚴苛的現實下雖然遭遇種種失敗卻從不氣餒，葉組頑強樂觀的精神勢將感染所有的人。
《忍者亂太郎》於2011年8月23日在日本218塊銀幕上公映，23、24兩日動員近8萬人入場觀看，首周初登場位列第4名，觀眾滿意度排名第3。另據消息，海外已有70多個國家表達了購買意向，好萊塢也決定對《忍者亂太郎》進行翻拍。
電影取材自原著漫畫1、2卷中的故事。
改編成動畫時，因NHK對“落第”一詞有所忌諱，故更名為《忍者亂太郎》。
《忍者亂太郎》雖問世二十多年，但迄今為止隻推出了兩部動畫電影版，而且今年早些時候上映的動畫電影版還是首部長篇製作。
《忍者亂太郎》從主創到演員許多沿用了《十三刺客》的原班人馬。
為了勸說尼子騷兵衛出讓版權，制片人中澤殷勤邀請他來《十三刺客》的片場參觀。看到三池崇史認真工作的樣子，尼子騷兵衛終於同意讓三池擔當《忍者亂太郎》真人電影版的導演。
事實上，該片最先確定的主角是加藤清史郎，而導演人選遲遲未決，因為加藤必須等到放暑假才有檔期。
2011年6月29日，三池崇史、寺島進、松方弘樹飲酒對談，三池爆料“若不是華納參與發行《忍者亂太郎》差點兒就不能實現全國公映，”並戲言，“就跟看不起加藤清史郎似的！”
7月23日首映式，適逢松方弘樹69歲的生日，主辦方還專門製作了一個八方齋形狀的生日蛋糕。
飾演新兵衛的木村風太本人並沒有那麼胖，拍攝時衣服裡塞了許多填充物，結果捂出一身痱子，拍攝結束後還瘦了兩公斤。
作為阪神隊的超級粉絲，加藤清史郎以亂太郎的裝扮走入4萬人的體育場，參加了開球儀式，一圓心中的夢想。
影片最初完成時長達3小時50分鐘。
片中有許多驚險鏡頭需要替身演員來完成，不過在三池的責令下，寺島進的鏡頭全都親自披掛上陣。
扮演女忍教師的中村玉緒稱，三池崇史經常不按劇本而即興拍攝的方式和其亡夫勝新太郎非常相似。
平幹二朗和松方弘樹的扮相是本片一大亮點，平幹化完妝後，連東映攝影所最熟捻的人都認不出他來；松方的“大頭”每次演出則要準備3個小時。
影片主題歌為動畫版主題歌《勇氣100%》。
