某市醫院發現一名罕見病毒致死的死者，引起院方高度重視。院方派出以陳強和江萍兩名專家為負責人的專家小組，負責調查死因。院方了解到的資料顯示，死者35歲，桃花莊村民。從死者死亡後的狀況分析，死因既像鼠疫，又像霍亂，或者說像炭疽病。院方將死者的死因作為病例上報細菌研究中心。因病毒的罕見性，在細菌研究中心引起震動。病毒研究中心給這種病毒命名“黑色死亡”，並迅速上報上級主管部門。為防止“黑色死亡”病毒蔓延擴散，徹底搞清病毒來源和宿主，上級領導部門組織成立了由細菌研究中心和部隊防疫部門組成的聯合防疫大隊，陳強擔任隊長。陳強的未婚妻江萍，也被留在防疫大隊。防疫大隊進駐桃花莊，對桃花莊實施警戒隔離。在與桃花莊隔河相望的防疫大隊營地，在陳強的帶領下，隊員們冒著炎熱酷暑，開始了艱苦細致的取證查驗工作。調查取證中，防疫大隊帶來用作實驗的兔、鼠，相繼被一種類似蟻類的爬行動物吞噬。在被啃嚙的鼠骨上，防疫大隊欣喜地發現了“黑色死亡”的病毒。為進一步驗證“黑色死亡”病毒，防疫大隊向上級申請調來用作實驗的猴子。註射了正在研制的防疫血清的猴子，放進了桃花莊隔離區。不久，陳強發現一種規律：每逢雷雨到來之前，不知名的宿主就會出來攻擊它們碰到的活物。觀察中，江萍為救一隻用於實驗的猴子，感染上“黑色死亡”病毒，光榮殉職。未婚妻的死，在陳強的心理留下陰影。陳強忍著巨大的悲痛，繼續取證查找。此時，國際紅十字會派來國際調查組，其中就有陳強曾在國外合作過的法國博士皮埃爾、持不同看法的日本細菌專家野村博士。隨著調查的深入，“黑色死亡”病毒終於浮出水面。原來，“黑色病毒”是二戰期間日本侵略軍在桃花莊投下的一種用矽藻土燒制的細菌彈。戰爭結束後的60年裡，這些帶菌彈體在地下繁衍滋生，變異病菌，感染螞蟻，這些被感染變異的螞蟻，就是“黑色死亡”病毒的宿主。面對現實，野村博士不予相信，不顧防疫禁令，擅闖進禁區，試圖挖掘工兵勘測出來的埋點，以證明埋點地下不是日本細菌彈，結果被帶毒的螞蟻感染。為營救野村博士，陳強在自己也感染病毒的情況下，將僅有的一支血清註射進了野村的體內。危急關頭，“黑色死亡”被烈焰焚燒，陳強因總部及時送來的血清得救。導演闡述 楊鳳良一個非正常死亡的無名病毒感染者，引出了二戰期間日本侵略軍投放在中國地區未爆炸的細菌彈。事情很大，事件的參與者責任尤其重大。整個故事的主要脈絡是搞清楚是什麼病毒？宿主是什麼？根源是什麼？僅僅是懷疑和推論都不行，一定要有充分的證據。因此，隔離病發區――桃花莊，開展取證工作。研究病毒以及抗感染成了故事推進的主要環節，人物也是在這些主要環節中不斷得以完成。可以說，一個個巨大的問號擺在我們面前，無疑使這部作品在某種意義上更像是一部懸疑推理劇，但它又不完全是，它的政治色彩是非常強烈的。完全陷於懸疑推理，會使劇作中本來就不豐滿的人物更顯蒼白，也會減弱它的政治色彩；病毒的巨大危害使人恐懼的，但它並不完全是一部恐怖片。完全陷於恐怖片的類型，又會失去它本有的強烈的正劇色彩。怎麼辦？既要懸疑推理，又要人物和政治背景；既要有恐怖因素，又是一部正劇。如果兼而有之，豈不成了大雜燴。他的電影形態到底是什麼？這是我們面對這個特殊題材首先要解決的問題。只有一條路，那就是從人物出發，要塑造一個理想的科學工作者，一個有強烈國際主義精神和愛國思想的科學工作者，一個具有現代意識同時又具有人類和平觀念的科學工作者，一個學者兼戰士的科學工作者……劇本賦予的遠遠不夠，能改多少改多少，但是在拍攝中牢牢把握這一條，就會使這部作品有一根貫穿的紅線，由此它的影片形態和風格也就形成了。也就是說，本片要以男主人公陳強的精神世界來詮釋整個故事。要強調他的心理感受，並把這種感受外化，不拘一格，也就會形成一種強烈的現代風格
