金魚姬是一條活潑好動的小魚,一次偶然的機會,它在漲潮時被沖進了玻璃瓶中無法脫身。此時,剛好來海邊度假的男孩宗介路過,幫它解困,從此人魚相識。宗介把金魚抱回家裡喂養,一起玩耍,感情甚篤。由於海員父親終日出航,宗介隻得跟母親相依為命,這讓他的性格孤僻自閉,甚至對長輩也不理不睬。但是,遇到金魚姬後,宗介逐漸改變了對生活的冷漠態度,這也讓他慢慢修復了性格中的缺陷。一次意外的海嘯中,宗介撞傷了身體,金魚姬沾染到了人類的血,飄回了大海之中。原來海洋中還有另外一個世界,那裡有個操控水文環境的古怪男子藤本,因為發現了人類污染環境的醜陋,所以自造了另一個水中世界。他發現金魚姬沾染了人氣,正準備用魔法將它打回原形,卻事與願違……